在《雷神ちゃんが部下を麻烦》中，玩家扮演的不仅是治疗角色，更是团队的核心指挥。游戏的玩法类似于MMORPG中的副本，玩家需要与坦克、狂战士、游侠等队友协作，挑战各种Boss，提升角色等级，获取装备。
每个Boss都拥有攻击技能，包括普通攻击、群体攻击、定身技能、Debuff等，而玩家需要做的，是让队友避开这些技能的伤害，同时保持对Boss的持续输出。队友通常表现出甩手掌柜般的行为，不会主动躲避技能，这就需要玩家有能力快速做出反应，保持团队的生存能力。
为了更好地应对复杂的Boss技能和队友的行为，玩家需要灵活使用各种技能，并在副本前对Boss的机制有深入的了解。游戏中有三种天赋供玩家选择，包括以治疗为主的德鲁伊、以光环和防御为主的牧师、以增加队友攻击为主的邪术师。
在挑战Boss的过程中，玩家需要迅速做出决策，包括标记攻击对象、走位躲避技能、甚至手动控制队友攻击目标。整个团队的胜负取决于玩家的操作，虽然听起来很刺激，但实际上往往是手忙脚乱的局面。
