《糖心柚子猫甘雨的情人节礼物》在野生宝可梦的世界里，捕捉失败可能引起宝可梦的注意。有些温顺的宝可梦，比如大牙狸和海豹球，发现玩家后会好奇地盯着人看，甚至还会和玩家互动；而像姆克儿这样的胆小宝可梦则会选择逃跑。大多数宝可梦都会选择攻击训练家，这种与训练家直接对战的玩法是“宝可梦”系列中的全新尝试。
在这个阶段，玩家的选择有限，可以通过投掷一些道具影响野生宝可梦的行动，或者选择逃跑或投球对战。实际上，只要向野生宝可梦投掷一只精灵球，就可以迅速开始宝可梦对战。
对战中，圈圈熊等宝可梦的攻击性很强，经常会让玩家感到压力。与传统正作相比，比如11级的水水獭使用剑舞后的撞击能力足以秒掉2级的小猫怪。
对战细节也有所不同，出手顺序不再根据速度重新计算，而是按照一定顺序进行，类似于一些JRPG的系统。每个宝可梦的招式都有普通、刚猛、迅疾三种形态，刚猛形态会提升攻击力和命中率，但会延后下一次出手顺序；迅疾形态则相反，降低攻击力但可以连续两轮出手。
