《有一根又黑又硬的蘑菇头》的操作方式颇具创意，与常规的横版格斗游戏大相径庭。玩家并非通过上下左右按键来进行角色的直线移动，而是通过滑动鼠标来挥动武器，利用武器与地面反作用力的原理来使人物移动。
这种操作方式颇为新奇，让人忍不住想起和班尼特福迪一起攻克难关中那些别具一格的游戏操作，虽然有些别扭，但却成为游戏的一大特色。
不同于传统的防御型格斗游戏，有一根又黑又硬的蘑菇头更倡导玩家积极进攻。游戏中有一个独特的系统叫做“打雷”，每隔一段时间周围会出现乌云并逐渐往中心靠拢，谁先接触到就会被雷劈，造成可观的伤害。这种机制促使玩家们不断地向前推进，积极主动地发起攻击，而非被动防守。
除了“打雷”系统外，游戏还设有多种惩罚机制。角色触碰到“血条”也会扣血，的紧张感和挑战性。尽管游戏的操作方式需要玩家一定的适应时间，但其实操作维度并不复杂，玩家只需掌握滑动鼠标移动、跳跃和释放技能等几项基本操作即可。
