在《夜间正能量视频www正能量入口》中，技能系统得到了全面调整。与前作不同，玩家不再需要找NPC缴纳心之鳞片回忆技能。
每个宝可梦都有一个“技能库”，玩家可以随意挑选4个出战，在对战外的所有场景都能随时切换，让玩家更加自由地组建队伍。此外，祝庆村内的保卫队长NPC负责教主角的宝可梦更多技能，交钱就能学，简单快捷。
另一方面，一些技能也得到了修改。群体攻击技能都改成了单体，比如岩崩。辅助型技能像“隐形岩”也变成了一段伤害和多段后续伤害的直伤技能，这要求玩家不能再纯靠之前的经验来判断。
《夜间正能量视频www正能量入口》中还有固定的几个Boss战，是玩家跟当前区域“王”的战斗。在这种特殊战斗中，玩家需要用一种类似香包的东西往“王”宝可梦脸上扔，从而削弱它的血量，等到其虚弱了，再放出自己的作战宝可梦进行战斗，周而复始。
